Działalność duszpasterska w latach 1954 - 1966 thumb|330px|Kościół parafialny św. Mikołaja w Wilkowie Po święceniach kapłańskich otrzymał dekret, mocą którego 15 lipca 1954 r. został wikariuszem parafii Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Legnicy. Posługę kapłańską pełnił w latach 1954 – 1956. Oprócz posługi sakramentalnej prowadził katechezy dla dzieci (od przedszkola do klasy V w 23 grupach), był opiekunem ministrantów, a także kapelanem szpitali w Legnicy. Parafia obejmowała ok. 15.000 wiernych. Na jej terenie były trzy szpitale i dojeżdżało się do trzech kościołów. Na własną prośbę przy poparciu ks. Proboszcza Tadeusza Łączyńskiego, w 1956 r. uzyskał pozwolenie na podjęcie studiów specjalistycznych na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Na skutek przemian października 1956 r. przywrócono nauczanie religii w szkołach. Wobec trudności obsady personalnej ks. Stanisława mianowano prefektem szkół na terenie parafii w Namysłowie z dniem 1 stycznia 1957 r. bez odwołania z uczelni. Pogodzenie nauczania w wymiarze 35 godzin tygodniowo w szkołach średnich ze studiami stacjonarnymi w Lublinie było ponad siły. Pierwsze miejsce zajęła praca duszpasterska.