W okresie 1868–1869 pracował na podobnym stanowisku (inspektor sanitarny) w guberni permskiej. W czasie studiów, a zwłaszcza w trakcie pracy na Ukrainie, intensywnie badał miejscową florę, sporządzając zielniki oraz publikując prace naukowe. W latach 1845–1852 współpracował z prof. K. Kesslerem na temat obserwacji wiosennych i jesiennych przelotów ptaków. Od roku 1870 do 1877 na zlecenie rosyjskiego agend rządowych prowadził botaniczne badania naukowe głównie we wschodniej Syberii (Sachalin, Zabajkale, Jakucja, Czukotka). Badał także dorzecze Obu. Oprócz roślin studiował też gleby i klimat na tych obszarach, a także zbierał informacje etnograficzne o miejscowej ludności. Kolejną wyprawę na Syberię odbył w okresie 1879–1880. Skupił się wówczas na Sachalinie. W 1880 zbierał okazy w Cieśninie Tatarskiej. W trakcie wszystkich ekspedycji pełnił także posługę lekarską wśród miejscowej ludności.
Dużą wartość miały jego zbiory zielnikowe zbierane na Syberii. Obejmowały ponad 40 000 okazów i stały się własnością Ogrodu Botanicznego Akademii Nauk w Petersburgu.
Zielnik roślin z okolic Wilna i Grodna przekazany został Akademii Medyko-Chirurgicznej w Wilnie. Anton Czechow w swej pracy Notatki z podróży podawał informacje wzięte z publikacji Augustynowicza.