Problemy z żywnością i wzrastający opór mieszkańców pchnęły dowódcę twierdzy do poddania miasta. Uroczyste wkroczenie marszałka Lefebvre do miasta odbyło się ulicą Długą 27 maja o godzinie 9 rano. 1 czerwca zaś odbył się uroczysty wjazd Napoleona do miasta. Na uroczystym obiedzie mianował głównodowodzącego oblężeniem marszałka księciem Gdańska. Ponadto obłożył miasto kontrybucją w wysokości 20 mln franków. Połowa miała zostać zapłacona w gotówce, połowa towarami i produktami.
Proklamowanie Wolnego Miasta Uroczystość proklamacji miała miejsce 21 lipca 1807 w Ratuszu Głównego Miasta.
Granice Wolnego Miasta zostały określone w Konwencji Elbląskiej z 6 grudnia 1807. Po lewej stronie Wisły biegły od ujścia Potoku Jelitkowskiego do Bałtyku w kierunku na zachód, zostawiając Oliwę po stronie Gdańska, dalej przez Owczarnię i Rębiechowo do rzeczki Strzelenki, następnie jej korytem do Raduni i rzeką Radunią do Pruszcza, skąd biegła do Cieplewa nad Kłodawą do ujścia rzeki Białej (Bielawy, ob. Kanał Kozi Rów Mały), dalej w górę tej rzeczki aż do Güttlander Hauptwall (grobli biegnącej od Kolnika w kierunku Wisły), następnie Motławą aż po Czatkowy, gdzie dobiegała do Wisły.