W latach 1940–1944 Niemcy hitlerowskie utworzyły w Zwierzyńcu obóz dla ludności cywilnej oraz obóz przejściowy, a od grudnia 1942 dla ludności wysiedlanej z Zamojszczyzny, w tym wielu Dzieci Zamojszczyzny. Szacuje się, że w obozie osadzono 24 000 więźniów, w tym 7000 dzieci, z których ponad 200 zmarłoZwierzyniec: 74. rocznica likwidacji obozu, kronikatygodnia.pl, 2017-08-13. [dostęp 2018-03-11].. Na tym terenie znajduje się obecnie rzymskokatolicki kościół parafialny pw. Matki Bożej Królowej Polski z II połowy XX wieku.
Podczas okupacji hitlerowskiej, w lipcu 1941 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 400 Żydów, którzy 22 października 1942 roku zostali wywiezieni do obozu zagłady w Bełżcu.
2 lutego 1944 okupacyjne oddziały niemieckie dokonały publicznej egzekucji ulicznej na placu targowym w Zwierzyńcu, w obecności spędzonych przymusowo mieszkańców ZwierzyńcaW 73. rocznicę egzekucji, zwierzyniec.info.pl, 2017-01-30. [dostęp 2018-05-06]..
Czasy współczesne 1 stycznia 1990 Zwierzyniec uzyskał prawa miejskie. Miasto utworzono ze wsi Zwierzyniec (210,00 ha), wsi Rudka (149,00), z części wsi Wywłoczka (55,00 ha), z części terenu Roztoczańskiego Parku Narodowego (24,00 ha) i z części terenu Nadleśnictwa Zwierzyniec (46,00).