Twórczość Jan Jerzy Karpiński jest autorem ponad 170 opracowań naukowych, w większości poświęconych entomologii. Pisywał do czasopism: „Chrońmy Przyrodę Ojczystą”, „Echa Leśne”, „Hasło Ogrodniczo-Rolnicze”, „Kalendarz Leśny”, „Kosmos”, „Las Polski”, „Polskie Pismo Entomologiczne”, „Niwa Leśna”, „Orka”, „Pszczelarstwo”, „Rocznik Ochrony Przyrody”, „Roczniki Nauk Rolniczych i Leśnych”, „Sylwan”, „Życie Warszawy”. Poza tym napisał wiele książek poświęconych przyrodzie, w tym opowiadania dla dzieci i młodzieży.
Przez całe życie pasjonował się fotografią. Większość swoich książek ilustrował własnymi pracami fotograficznymi oraz rysunkowymiPaweł Reising, „KurieR”, nr 1/2005 – Jan Jerzy – Król Białowieży..
PublikacjeOpracowanie Jubileusz pracy naukowej prof. dra Jana Jerzego Karpińskiego 1914–1959. Białowieża (1947) Korniki ziem Polski (współautor – Konstanty Strawiński) (1948) Materiały do bioekologii Puszczy Białowieskiej (1949) Puszcza Białowieska (1953) Puszcza opowiada (1953) Nowa teoria rozwoju owadów (1954) O naszych zwierzętach chronionych (1954) Nietoperze (1955) W prastarej Puszczy (1955) Wycieczka do Puszczy (1955) Dwa przełomy (współautor – Tadeusz Szczęsny) (1957) Dzieci słońca i dzieci mroku (1957) W Pieninach (1957) Do Łysogór!