Koncern Zeissa był m.in. dostawcą przyrządów celowniczych i obserwacyjnych dla armii niemieckiej podczas obu wojen światowych, a także dla innych armii. Podczas II wojny światowej zakłady zostały zbombardowane. Główna siedziba w Jenie została zajęta w kwietniu 1945 przez Amerykanów, którzy wywieźli na Zachód przyrządy i dokumentację z działu badawczo-rozwojowego oraz ewakuowali 250 czołowych specjalistów. Na mocy układu w Poczdamie, Jena ostatecznie znalazła się w radzieckiej strefie okupacyjnej, przekształconej później w Niemiecką Republikę Demokratyczną. Rosjanie również wywieźli pozostałe oprzyrządowanie fabryki, niemniej przystąpiono do jej odbudowy. W NRD pozostały zakłady Carl Zeiss Jena funkcjonujące jako przedsiębiorstwo państwowe (VEB), a w RFN reaktywowano zakłady Carl Zeiss w Oberkochen, w oparciu o przedwojenne zakłady Rudolfa Winkla w Getyndze (nabyte przez Fundację w 1911) i Moritza Hensoldta w Wetzlar (utworzone w 1852 i nabyte przez Fundację w 1928). Produkty zachodnioniemieckie funkcjonowały także pod marką Hensoldt. W połowie lat 60. XX wieku rozstrzygnięto spór sądowy, pozwalając zarówno zakładom z NRD i RFN na używanie znaku firmowego Zeiss jako następcom podzielonej Fundacji.