W ostatnich latach kontrowersje wokół zakładu wzbudził pomysł przetwarzania za opłatą odpadów zagranicznych reaktorów jądrowych.
W pierwszych latach działania z zakładu Majak wyciekły pewne ilości skażonej promieniowaniem wody, która przedostała się do pobliskich jezior i rzeki Tiecza, której wody zasilają Ob. Konsekwencje przedostania się napromieniowanej wody do dolnego biegu rzek nie są jeszcze znane. Niektórzy mieszkańcy Oziorska twierdzą, ze mieszkanie w tej okolicy nie stanowi obecnie zagrożenia z uwagi na spadek poziomu promieniowania od lat 60. XX wieku. Nie przywołują też żadnych problemów ze zdrowiem własnym i zdrowiem pracowników zakładu Majak. Twierdzenia te są jednak niepoparte dowodami, a dodatkowo nikt nie zaprzecza temu, że osoby pracujące w Majaku w latach 50. i 60. XX wieku zmarły wskutek wystawienia na promieniowanie jonizujące. Sytuacja znacznie się od owego czasu poprawiła, lecz administracja zakładu Majak była wielokrotnie krytykowana za nie do końca uzasadnione praktyki.
Katastrofa kysztymska
thumb|Instalacje przechowywania materiałów rozszczepialnych, widok na południową stroną budynku administracyjnego i budynek bezpieczeństwa magazynowego