Lęgi thumb|left|Marabut indyjski w szacie godowej w pobliżu gniazda, Asam, Indie Marabuty indyjskie gniazdują w koloniach, okres lęgowy przypada na zimę. W koloniach mogą lęgnąć się inne ptaki, jak pelikany indyjskie (Pelecanus philippensis). Gniazda marabutów są dużymi platformami z patyków, ulokowanymi na końcu gałęzi wysokiego drzewa, rzadko w ich rozwidleniach. W pewnej kolonii w Nagaon marabuty najchętniej na gniazdo wybierały alstonię szkolną (Alstonia scholaris) oraz kadambę (Anthocephalus cadamba). Na początku sezonu lęgowego kilka ptaków przylatuje na dany teren i próbuje zająć drzewo. Samce sygnalizują zajęcie danego terenu przez przepędzanie innych oraz klekotanie z dziobem wyciągniętym w górę. Niekiedy wyginają ciało w łuk, rozchylają lekko skrzydła i opuszczają je. Kiedy samica usiądzie obok, samiec oferuje jej świeżo wyrwane gałązki, kładąc je przed nią. Niekiedy łapią dziobem jej skok lub trzymają dziób w jej pobliżu, w pozycji przypominającej tę inicjującą wzajemne czyszczenie. Gdy samica zgadza się na zostanie parą dla samca, przyciska się głową i dziobem do jego piersi, zaś samiec „blokuje” jej szyję swoim dziobem. Do innych zachowań par należy równoczesne opuszczane i obniżanie dzioba przez obydwu partnerów. Przeważnie zniesienie liczy 2 lub 3, rzadko 4, jaja, składane są w odstępie jednego lub dwóch dni.