Zgłosił wówczas patenty budowlane obejmujące elementy z wielkiej płyty i szalunki do betonowania ciągłego.
Jako wybitny specjalista ds. budownictwa w lipcu 1940 47-letni wówczas Emil Leyk został powołany do Inspektoratu Zbrojeń i Gospodarki Wojennej Wehrmachtu w stopniu kapitana. We wrześniu 1941 r. skierowano go do Salonik, gdzie najpierw był zastępcą a następnie szefem Kriegswirtschaftskommando, okupacyjnej administracji nadzorującej pracę miejscowego przemysłu na potrzeby wojska. W lutym 1943 r. przeniesiono go do Danii na stanowisko szefa technicznego zakładów o znaczeniu wojskowym na terenie całego kraju (Gruppenleiter Krieggewichte Betriebe). W lipcu 1943 r. za sprawą brata Fryderyka został zaprzysiężony pod pseudonimem „Inżynier” w Polskim Związku Wolności, którego struktury od 1942 podporządkowane były Armii Krajowej. Współpracował także z greckim ruchem oporu oraz wywiadem angielskim. Koniec wojny zastał go w Monachium. Do Polski powrócił w 1946 i osiadł na Mazurach, gdzie próbował bezskutecznie razem z bratem Fryderykiem odzyskać utracony w 1922 majątek. Początkowo pracował w Fabryce Wyrobów Drzewnych w Szczytnie, następnie współpracował z charytatywną misją szwedzką (1946-1947). Potem działał jako inspektor nadzorujący liczne budowy nie tylko na terenie Mazur.