2,5 mld lat temu stężenie tlenu w atmosferze było ponad 100 tys. razy mniejsze niż obecnie. Fotosyntetyzujące sinice zaczynały wówczas wytwarzanie tlenu, znacząco przyczyniając się do powstania życia w obecnej formie na Ziemi. Wcześniej na Ziemi dominowały bakterie anaerobowe, które zdołały przetrwać w nielicznych siedliskach beztlenowych, głównie na dnach oceanów. Zwiększenie udziału tlenu spowodowało także rozpad cieplarnianego metanu na dwutlenek węgla co oziębiło Ziemię powodując wielkie zlodowacenie, które prawdopodobnie zagroziło przetrwaniu także samych sinic.
Znaczenie gospodarcze Sinice wodne mogą stanowić niepożądany składnik biocenozy, szczególnie w czasie tzw. zakwitów, zwłaszcza że niektóre szczepy wydzielają substancje trujące. Dla organizmów wodnych sinice są marginalnym źródłem pożywienia, gdyż zawierają mało substancji łatwo przyswajalnych. Ponadto forma nitkowata ich kolonii jest utrudnieniem dla typowych fitoplanktonożerców. Nici sinic, dostając się do aparatów filtracyjnych wioślarek, mechanicznie je blokują, utrudniając dalszą filtrację.