W latach 1260–1317 panowali w Aleppo Mongołowie, którzy zburzyli cytadelę, następnie znów Arabowie.

Pod rządami Imperium Osmańskiego W 1517 miasto włączono do Imperium osmańskiego, w którym pozostawało aż do czasu jego upadku (z wyjątkiem krótkiej okupacji egipskiej 1832–1840). Panowanie tureckie nie zapewniło jednak tym terenom stabilizacji – częste były walki miejscowych feudałów. Od XVI wieku, wskutek rozwoju handlu europejsko-indyjskiego drogą morską wokół Afryki, Aleppo stopniowo traciło swoje znaczenie pośrednika handlowego między Wschodem a Zachodem. Ostateczny koniec dalekiego handlu na tym szlaku nastąpił po otwarciu drogi morskiej przez Kanał Sueski. W XIX wieku nastąpił upadek miasta na skutek trzęsień ziemi (najsilniejszego w 1822 – zrujnowało również cytadelę) i epidemii (1827, 1832). W 1841 Brytyjczycy próbowali ustanowić na Eufracie komunikację rzeczną między Aleppo a Mezopotamią, jednak okazało się to niemożliwe – szlak wodny był zbyt zaniedbany.