Struktura W roku 2013 Kongres Polonii Amerykańskiej pozostawał podzielony na dwadzieścia osiem wydziałów terytorialnych w dziewiętnastu stanach USA i Dystrykcie Kolumbia. KPA jest zarządzany przez 112-osobową Krajową Radę Dyrektorów, która spotyka się dwa razy w roku. Dyrektorzy krajowi wybierani są przez swoje wydziały stanowe i oddziały siedemnastu organizacji będących członkami KPA. Do Rady należy ponadto dziesięciu dyrektorów niezależnych. Co dwa lata Rada wybiera Komitet Wykonawczy (w jego skład wchodzą: przewodniczący, sześciu wiceprezesów, sekretarz generalny oraz skarbnik), który kieruje jej pracami. Biuro KPA w Waszyngtonie prowadzi działalność lobbingową, w ramach której komisje stałe zajmują się sprawami polskimi, sprawami amerykańskimi (American Agenda), antyfanatyzmem, a także organizacją obchodów października jako Miesiąca Dziedzictwa Polskiego.