Od samego początku na czele Kongresu Polonii Amerykańskiej stoi prezes Związku Narodowego Polskiego (Polish National Alliance) – społecznego towarzystwa ubezpieczeniowego, największej pod względem liczby członków organizacji polonijnej w USA. Jako pierwszy przewodniczył KPA od chwili jego powstania do roku 1968 Ignacy Karol Rozmarek (1897–1973; prezes ZNP w latach 1939–1967). Alojzy A. Mazewski (1916–1988; prezes ZNP w latach 1967–1988) kierował Kongresem od roku 1968 aż do swojej śmierci w 1988 roku. Następny był Edward J. Moskal (1924–2005; prezes ZNP w latach 1988–2005). Po nim kierownictwo objął w 2005 roku Frank J. Spula (ur. 1951).
Bliska współpraca KPA i ZNP wynika częściowo z faktu, że ich cele są bardzo zbliżone. Zadaniem obydwu tych organizacji było podniesienie znaczenia Polonii w społeczeństwie amerykańskim, a przede wszystkim jej zjednoczenie w staraniach o odzyskanie przez Polskę niepodległości.