cechuje się zdecydowanie lżejszym, komediowym tonem. Anime bazuje na humorystycznych opowiadaniach autorstwa Shōjiego Gatō, publikowanych równolegle z główną serią powieści. Za produkcję odpowiadało studio Kyoto Animation, reżyserią zajął się Yasuhiro Takemoto, a scenariusz napisali Shōji Gatō i Fumihiko Shimo. Muzykę do serii ponownie skomponował Toshihiko Sahashi. Anime było emitowane od 25 sierpnia do 18 listopada 2003 w stacji Fuji TV.
W Polsce serial nadawano na kanale AXN SciFi.
The Second Raid to bezpośrednia kontynuacja pierwszej serii anime Full Metal Panic!. Produkcja została zrealizowana przez studio Kyoto Animation i liczy 13 odcinków, które emitowano od 13 lipca do 19 października 2005 w stacji Wowow.
26 maja 2006 wydany został odcinek OVA, którego akcja rozgrywa się po wydarzeniach z The Second Raid.