W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku Zakład stał się terenem walk i pomimo strat materialnych sięgających 75% niósł pomoc, prowadząc szpital polowy. W czasie wojny oficjalnie działalność Ośrodka została zawieszona. Część uczniów ewakuowano do Żułowa. Jednak Ośrodek w Laskach nadal pełnił funkcję opiekuńczą, obejmując nią także sieroty wojenne. Mieszkańcy byli zaangażowani w działalność konspiracyjną. W latach 1942–1944 przebywał tu jako kapelan obwodu Armii Krajowej ks. Stefan Wyszyński, przyszły prymas Polski. W roku 1944 Matka Czacka podjęła decyzję o przystąpieniu placówki w Laskach do Powstania Warszawskiego. Na terenie Ośrodka urządzono szpital powstańczy i punkt kontaktowy AKAlicja Gościmska, Michał Kamiński. Laski w czasie okupacji 1939-1945. Wydawnictwo Archidiecezji Warszawskiej. Warszawa 1987. Brak nr ISBN.. Przez pewien czas przebywali tu żołnierze węgierscy, co upamiętnia tablica na jednym z domów.