Informacja ukryta w pliku może mieć dowolną naturę – tekst, liczba, obraz lub wyłącznie identyfikator, pozwalający stwierdzić, że w obrazie jest cyfrowy znak wodny. Taka informacja przekształcana jest w ciąg bitów, który dodatkowo można zaszyfrować przy pomocy klucza publicznego lub prywatnego. Uzyskany w ten sposób ciąg łączony jest z obrazem bazowym, w wyniku czego otrzymujemy obraz z wstawionym cyfrowym znakiem wodnym.
Dekoder ma za zadanie odczytać informację zawartą w cyfrowym znaku wodnym bądź jedynie wykryć jego obecność w pliku. Schemat dekodera ściśle związany jest ze schematem kodera. Jeśli przy kodowaniu użyto klucza, taki sam klucz powinien zostać podany na wejście dekodera. Dodatkowo może być wymagane podanie na jego wejście obrazu bazowego bądź cyfrowego znaku wodnego w przypadku detektora, który ma za zadanie stwierdzić obecność cyfrowego znaku wodnego.