Podczas ostatniego zlodowacenia Flores pozostała w izolacji od reszty lądu, co nasuwa przypuszczenie, że człowiek z Flores lub jego przodkowie musieli drogą wodną dotrzeć na wyspę, być może na tratwach z bambusa, około 100 000 lat temu. Świadczyłoby to o poziomie technologicznym i umiejętnościach współpracy na poziomie porównywalnym do człowieka współczesnego i potwierdzałoby tezę, że człowiek z Flores posługiwał się mową.
Wyginięcie W kręgach akademickich popularne jest przekonanie, że tak jak miało to miejsce w przypadku neandertalczyka, ostateczną zgubę Homo floresiensis mógł przynieść kontakt z człowiekiem współczesnym oraz przegrana krótko później walka o zasoby. Nie wyklucza się jednak, że człowiek z Flores mógł przetrwać w innych częściach wyspy, a jego sporadyczne kontakty z ludźmi zamieszkującymi na niej stały się źródłem opowieści o Ebu Gogo, małym, owłosionym, posługującym się prostym językiem, mieszkańcem jaskiń. Powszechne jest przekonanie, że Ebu Gogo żyły jeszcze pięćset lat temu, w czasach kolonizacji wyspy przez Holendrów, a sporadycznie były napotykane jeszcze pod koniec XIX wieku.