Kolejne lata przyniosły przebudowę kuchni, powstanie centralnych tlenowni, ujęcia wody oligoceńskiej, centralne kotłownie przeszły na zasilanie gazowe oraz powstała centralna sterylizacja. 1990–2000 – powstał gmach Kliniki Okulistycznej Uniwersytetu Medycznego. 2005 – zakończono proces unowocześnienia szpitala. 2006 – rozpoczęto budowę nowego pawilonu, w którym docelowo miały się pomieścić: Szpitalny Oddział Ratunkowy i Izba Przyjęć Zakład Radiologii Centralna Sterylizatornia Oddział Pooperacyjny Oddział Anestezjologii i Intensywnej Terapii Laboratorium Analityczne Blok Operacyjny Oddziały – Urazowo-Ortopedyczny i Nefrologiczny 2007 (luty) – uroczyście odsłonięto okolicznościowe tablice – jedna z nich poświęcona jest pracownikom ratującym życie Bronisławowi Pietraszewiczowi „Lotowi” i Marianowi Sengerowi „Cichemu” po zamachu na Kutscherę, druga natomiast upamiętnia pisarza Władysława Stanisława Reymonta, który był leczony w Szpitalu Przemienienia Pańskiego od 13 lipca do 10 sierpnia 1900 roku po wypadku kolei linii warszawsko-wiedeńskiej.