Była związana uczuciowo z dwoma mężczyznami – Gustaw Zimajer był ojcem jej dwójki dzieci: syna – Rudolfa ModrzejewskiegoMost musi cieszyć. – i córki Marii (zmarłej w dzieciństwie), ślub zaś wzięła w 1868 roku w Krakowie z wielkopolskim ziemianinem Karolem Chłapowskim (zm. 1914). Po przeprowadzce do USA podawała się za osobę młodszą o 6 lat, a syna Rudolfa przedstawiała jako swojego brata.

Była matką chrzestną aktorki Ethel Barrymore i wspomnianego wyżej Stanisława Ignacego Witkiewicza. Przyjaźniła się z Pelagią Zgliczyńską.

Upamiętnienie W 1975 roku wyemitowano polską monetę kolekcjonerską o nominale 100 zł. Moneta ta została wykonana ze srebra próby 625 w nakładzie 60 158 egzemplarzy, miała średnicę 32 mm i wagę 16,5 g, rant gładki. W 2019 r. Narodowy Bank Polski wydał upamiętniającą Helenę Modrzejewską srebrną monetę kolekcjonerską o nominale 20 złotych należącą do serii „Wielkie aktorki”.

Od 1988 r. imię Heleny Modrzejewskiej nosi ulica w Łodzi na osiedlu Andrzejów.

W 1990 powstał serial biograficzny Modrzejewska w reżyserii Jana Łomnickiego.