Po sześciomiesięcznym pobycie na Madagaskarze, zaleczeniu szkorbutu i zakończeniu konfliktu z załogą, statki ruszyły w dalszą drogę. Wyprawa dotarła do Banten w Indonezji 27 czerwca 1596. Z 249 członków załogi do Indonezji dotarło jedynie 100.
Wbrew oczekiwaniom Holendrzy nie zostali dobrze przyjęci przez lokalne władze. De Houtmanowi udało się założyć punkt handlowy, jednak z powodu wrogiego nastawienia tubylców (wskutek dwóch ataków zginęło ponad 10 członków załogi) Holendrzy zmuszeni byli się wycofać.
Następnie statki udały się na Bali, gdzie de Houtman spotkał się z lokalnym królem. W lutym 1597 załoga otwarcie zbuntowała się przeciwko de Houtmanowi. Rada floty (reprezentanci oficerów oraz załóg wszystkich statków) zdecydowała o usunięciu de Houtmana. Uwolniony van Beuninhgen siłą zdobył kilka beczek ziarenek pieprzu.
Następnie Holendrzy udali się w drogę powrotną do Europy, która była nie mniej ciężka niż dotychczasowa podróż – nękani przez jednostki portugalskie nie mogli uzupełnić zapasów przez całą drogę od Przylądka Dobrej Nadziei. Z 249 członków załogi do Amsterdamu powróciło 89.
Relację z wyprawy sporządził Willem Lodewycksz.