Więzienie i śmierć Po odmowie podjęcia wykładów na moskiewskiej uczelni w 1940 r. został aresztowany przez sowieckie organy bezpieczeństwa i na kilka miesięcy uwięziony w Białymstoku. W więziennej celi, gdzie stłoczono ponad 60 osób, dalej wykładał rolnictwo współwięźniom. 8 maja 1940 r. wywieziono go z więzienia białostockiego do Mińska, dwa dni później 10 maja został rozstrzelany w Kuropatach. Dokładne miejsce jego pochówku pozostaje nieznane. Rodzinę deportowano w kwietniu 1940 do Kazachstanu.
24 maja 2008 r. Ośrodkowi Szkoleniowemu Podlaskiego Ośrodka Doradztwa Rolniczego w Szepietowie nadano imię profesora Kazimierza Rogoyskiego i odsłonięto pamiątkową tablicę.
Książki autorstwa Kazimierza Rogoyskiego K. Rogoyski, „Prace Stacyi Doświadczalnej w Chojnowie w pierwszych trzech latach jej istnienia”, Wydawnictwo Towarzystwa Rolniczego, Płock, 1904. K. Rogoyski, „Kształcenie praktyczne młodzieży rolniczej: (przyczynki i uwagi) na podstawie działalności Komisyi Praktyk Towarzystwa Kółek Ziemian w 1912 r.”, Gebethner i Wolff, Warszawa, 1913. K. Rogoyski, „Ogólna nauka uprawy roślin”, Kraków, 1911. K. Rogoyski, M. Baraniecki, W. Meylert, „O wykształceniu praktycznem rolników. Charakterystyka gospodarstw Podolskich. Walka z posuchą”, Centralne Towarzystwo Rolnicze, Warszawa 1912. K.