Wśród 7 kg ładunku naukowego znaleźć się miały: kamery (jedna do zdjęć podczas spadania i druga do pracy na powierzchni), pakiet instrumentów do badania przepływów ciepła i właściwości fizycznych powierzchni, spektrometr rentgenowski cząstek alfa, magnetometr, sejsmometr, urządzenie do penetracji gruntu i mikropojazd.
Łączność Centrum kierowania misją mieści się w ośrodku ESA ESOC w Darmstadt, w Niemczech. Stacje śledzenia i łączności znajdują się w Hiszpanii (Cebreros, antena śr. 35 m) i w Japonii (Usuda, antena śr. 64 m).
Wątki polskie Centrum Badań Kosmicznych PAN brało udział w projektowaniu, wykonaniu i testowaniu jednego z podsystemów MERTIS: modułu celowania osi optycznej instrumentu (pointing unit). Inżynierowie CBK PAN ściśle współpracowali z inżynierami z Niemieckiej Agencji Kosmicznej (DLR), którzy odpowiadali za całokształt prac nad MERTIS.
Historia misji 2001 – faza konkursowa – EADS Astrium wygrywa przetarg na budowę europejskich modułów statku 18 stycznia 2008 – oficjalnie podpisanie umowy między ESA a EADS Astrium 15 września 2011 – podpisanie umowy z Arianespace o wystrzeleniu BepiColombo za pomocą rakiety Ariane 5 20 października 2018 – start z kosmodromu w pobliżu Kourou