W Akademii Adaś i jego koledzy uczą się niezwykłych przedmiotów, jak kleksografia czy przędzenie liter. Pan Kleks posiada magiczne zdolności – potrafi powiększać się i zmniejszać, czytać w myślach, rozumieć mowę zwierząt oraz podróżować przez dziurki od kluczy do baśniowego świata. Jednym z sekretów Akademii jest szpak Mateusz, w rzeczywistości książę i następca tronu królestwa Bajdocji. Do ludzkiej postaci może powrócić tylko za pomocą czarodziejskiego guzika doktora Paj-Chi-Wo.
Spokojne życie Akademii zostaje zakłócone przez intrygę złego fryzjera Filipa Golarza, który podsuwa uczniom własnoręcznie stworzoną mechaniczną lalkę, Adolfa. Adolf sieje zamęt w Akademii i infiltruje strych (do którego wstęp jest zakazany), wydatnie osłabiając moc nauczyciela. Pan Kleks zmuszony jest rozmontować Adolfa, w wyniku czego Filip atakuje Akademię i doprowadza do jej rozpadu. Pan Kleks w odwecie zamienia Filipa w guzik, który podnosi Adaś. Wówczas szpak Mateusz zamienia się w pisarza Jana Brzechwę, który daje Adasiowi nadzieję na ponowne spotkanie z panem Kleksem.