Scenografia pracowni elektronicznej Filipa oraz królestwa Bajdocji powstała dzięki Mozerowi we współpracy z radzieckim scenografem Anatolim Tierechowem.
Piosenki i motywy muzyczne w filmie Muzykę do filmu skomponował Andrzej Korzyński, z wyjątkiem „Marszu wilków” autorstwa zespołu rockowego TSA. Jako materiał wyjściowy do utworów posłużyły zarówno wiersze Jana Brzechwy, jak i autorskie teksty piosenek samego Gradowskiego. Album zawierający filmowe piosenki (bez uwzględnienia „Marszu wilków”), a także niewielką ilość muzyki ilustracyjnej ukazał się w 1983 roku nakładem wydawnictwa Polton.
Źródło: Discogs W 2016 nakładem wytwórni GAD Records ukazał się album zawierający instrumentalne utwory ilustracyjne z filmu, które w większości nie były wcześniej dostępne. Ponadto w 2024 ta sama wytwórnia wydała album kompilacyjny pt. “Sekrety Pana Kleksa” na którym znalazły się m.in. alternatywne wersje utworów Korzyńskiego z “Akademii Pana Kleksa”. Muzykę do filmu wykonała orkiestra pod batutą Jana Pruszaka, a także zespół instrumentalny pod kierownictwem Andrzeja Korzyńskiego w składzie: