W 1931 zorganizowano kompanie saperów dla poszczególnych brygad Korpusu Ochrony Pogranicza zorganizowano kompanie saperów dla poszczególnych brygad Korpusu Ochrony Pogranicza. Dzieliły się na cztery typy, a nazwy przybierały od macierzystych jednostek. Brygada „Wilno” otrzymała kompanię typu II. Składała się ona z dowódcy kompanii, drużyny gospodarczej oraz trzech plutonów saperów po trzy drużyny. Łącznie liczyła 106 żołnierzy w tym 4 oficerów, 11 podoficerów i 91 szeregowców.
Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Jej wynikiem było między innymi rozformowanie Brygady KOP „Wilno”. Jej pułki zostały samodzielnymi oddziałami, podporządkowanymi bezpośrednio dowódcy KOP.
Struktura organizacyjnaStruktura 6 BOP w 1926Struktura 6 BOP w grudniu 1927Struktura BKOP „Wilno” w 1934Dowództwo 6 Brygady OPDowództwo 6 BOPDowództwo Brygady KOP „Wilno”21 batalion graniczny6 Półbrygada Ochrony Pograniczapułk KOP „Głębokie”22 batalion graniczny19 batalion granicznypułk KOP „Wilejka”23 batalion graniczny20 batalion granicznybatalion KOP „Słobódka”24 batalion graniczny21 batalion granicznybatalion KOP „Nowe Święciany”22 batalion granicznybatalion KOP „Niemenczyn”18 szwadron kawaleriibatalion KOP „Troki”20 szwadron kawaleriikompania saperów KOP „Wilno”