Na przełomie tysiącleci władze miasta przywróciły na szczycie fasady - między dwiema wieżami - krzyż, a od roku 2001 w kościele odprawiane są nabożeństwa. Ze względu na brak możliwości przechowywania Najświętszego Sakramentu ksiądz po każdej mszy świętej wynosi go z kościoła. Rzymskokatolicka wspólnota parafialna kościoła św. Marii Magdaleny wraz z proboszczem parafii ks. Włodzimierzem Kuśnierzem (wcześniej, do 2009 roku, administratorem parafii był biskup Leon Mały) od 1991 czyni starania u władz miasta, obwodu i Ukrainy o zwrot świątyni wyłącznie na cele kultu religijnego. Prośby wspólnoty, kierowane do ukraińskiej dyrekcji i pracowników Domu Muzyki Organowej i Kameralnej, o zwrot lub korzystanie na równoprawnych warunkach ze swojej prawowitej własności, do dziś nie zostały uwzględnione.
Decyzją samorządowych władz ukraińskich, tj. Rady Miasta Lwowa, z 11 marca 2010 roku kościół św. Marii Magdaleny został na kolejne 20 lat przekazany do dyspozycji Sali Muzyki Organowej i Kameralnej we Lwowie (Lviv Organ Hall), na zasadach nieodpłatnego wynajmuLwów: kościół salą koncertową na kolejne 20 lat. Decyzja ta została następnie potwierdzona wyrokami sądów kilku instancji.