Mobilizacja została przeprowadzona w dniach 24-27 sierpnia 1939, w alarmie, w grupie jednostek oznaczonych kolorem żółtym.
31 sierpnia 1939, w pierwszym dniu mobilizacji powszechnej, szwadron kawalerii „Nowe Święciany” wszedł w skład 35 Dywizji Piechoty, jako jej kawaleria dywizyjna.
Walki pułku 17 września 1939 z granicy litewskiej do Wilna zostały ściągnięte trzy baony graniczne pułku KOP „Wilno”: „Orany”, „Troki” i „Niemenczyn”. Baony graniczne zajęły prawdopodobnie pozycje w południowo-wschodniej i północno-zachodniej części miasta. Baon KOP „Orany” zajął pozycje na południe od cmentarza na Rossie w kierunku na Lidę, baon KOP „Troki” na przedmieściu Markucie w kierunku bramy cmentarza, a baon „Niemenczyn” w północno-zachodniej części miasta. Ich zadaniem była obrona miasta. Jednak pozbawione broni przeciwpancernej były bezbronne wobec nacierających czołgów. Dowódca pułku ppłk Kazimierz Kardaszewicz wyprowadził z miasta baony „Orany" i „Niemenczyn"
Baon „Troki” nadal prowadził walkę. W wyniku okrążenia przez oddziały pancerne wroga, dowódca batalionu rozwiązał jednostkę. Żołnierze przedzierali się w kierunku granicy litewskiej.