Nie zdołano odtworzyć batalionu KOP „Słobódka”.

Po odtworzeniu batalionów, pułk ochraniał granicę z ZSRR, począwszy od styku z granicą łotewską, o długości 164,450 km.

Walki pułku w kampanii wrześniowej Od 17 września 1939, po agresji ZSRR na Polskę, pułk w uszczuplonym składzie dwóch batalionów, prowadził działania opóźniające.

Walki o strażnice 17 września około 4:00, na rozwinięty wzdłuż granicy pułk KOP „Głębokie” mający w II linii podporządkowaną Dziśnieńską Półbrygadę ON, uderzyła Grupa Połocka komdiwa Aleksiejewa wraz z podporządkowanymi jej oddziałami Wojsk Pogranicznych NKWD. Na jego lewym skrzydle baon KOP „Łużki” mjr. Franciszka Benrota przyjął na siebie uderzenie pododdziałów 12 oddziału ochrony pogranicza NKWD płk. Busarowa, wspieranych przez pociąg pancerny oraz dywersantów. Wszystkie strażnice zostały zaatakowane z powodzeniem przez zaskoczenie. Nieliczne z nich, przez krótki czas, broniły się i zadały straty atakującym. Na rozkaz dowódcy pułku „Głębokie” resztki 1. i 2 kompanii granicznej, odwód i dowództwo batalionu „Łużki” we wczesnych godzinach południowych 17 września opuściły Łużki i maszerowały w kierunku Wilna. Podobnie rzecz się miała na kierunku batalionu „Podświle”. W trakcie obrony strażnic pułk KOP „Głębokie” poniósł ciężkie straty. Baon KOP „Łużki” utracił 3 kompanię.