Następnie Mysterio zachował swój pas w walce z Markiem Henrym po dyskwalifikacji Henry’ego po tym jak Chavo Guerrero podał Markowi krzesło, a Mysterio udał, że został nim uderzony.
Następnie Rey zawiązał feud z Kingiem Bookerem po tym jak ten wygrał Battle Royal i został pretendentem do pasu World Heavyweight, który wówczas miał Mysterio. Booker wraz z żoną Queen Sharmell po battle royal zaatakował Mysterio za kulisami. Na następnym SmackDown! Mysterio w zemście zaatakował Bookera i jego team. Ich feud trwał kilka tygodni, a podczas jego trwania Mysterio pokonał Williama Regala, osobę ze świty Bookera. 21 lipca na The Great American Bash 2006 Mysterio stracił swój pas mistrza wagi ciężkiej po walce z Kingiem Bookerem po interwencji Chavo Guerrero i uderzenia Mysterio krzesłem. W następnym tygodniu powstał feud między Mysterio i Chavo Guerrero, co doprowadziło do ich walki na SummerSlam, którą wygrał Chavo po interwencji Vickie Guerrero. Następnie Mysterio pokonał Chavo w Falls Count Anywhere matchu na No Mercy. W następnej walce Mysterio z Chavo, Rey ofniósł kontuzję kolana i przeszedł jego operację.