Znane jest ponad 4000 gatunków.
thumb|left|skrętnica
Systematyka Tradycyjnie dzielone są na dwie grupy, najczęściej w randze rzędu: Zygnemales (Zygnematales) – podłużne komórki zbierające się w nicie Desmidiales (desmidie) – wielokątne lub okrągłe komórki, zwykle z przewężeniem, pojedyncze lub tworzące nici
Zygnemales dzieli się na następujące rodziny: Gonatozygaceae Mesoteniaceae Zygnemaceae (z przedstawicielami takimi jak skrętnica (Spirogyra), zrostnica (Zygnema) i mużocja (Mougeotia))
Desmidiales bywają uznawane za tożsame z rodziną Desmidiaceae (z przedstawicielami takimi jak nowik).
Czasem jednak desmidie są włączane do rzędu Zygnematales i dzielone na równorzędne jednostki (najczęściej rodziny): Desmidiaceae, Closteriaceae i Peniaceae.
Z kolei inne współczesne badania filogenetyczne oparte na danych molekularnych do rzędu Desmidiales włączają monofiletyczne rodziny Closteriaceae i Gonatozygaceae oraz rodziny Desmidiaceae i Peniaceae, których monofiletyzm jest mniej pewny oraz podważają monofiletyzm licznych rodzajów z rzędu Zygnematales (z wyj.