Jako jednostka nieskuteczna została przeniesiona na Morze Bałtyckie jako flotylla treningowa.
Należało do niej 9 okrętów typu: VIIB (3), VIIC (6).
Dowódca flotylli: Kptlt. Fritz Frauenheim (wrzesień 1941 – maj 1942)
Dowódcy okrętów: Kptlt. Hans Heidtmann
29. Flotylla U-Bootów Utworzona w grudniu 1941 w Marsylii, bazująca w La Spezia, w Salaminie i w Puli, zlikwidowana we wrześniu 1944 po zatopieniu ostatniego z 68 U-Bootów operujących na wodach Morza Śródziemnego.
Należały do niej 52 okręty typu: VIIB (3), VIIC (49).
Dowódcy flotylli: Korvkpt. Franz Becker (grudzień 1941 – maj 1942) Korvkpt. Fritz Frauenheim (maj 1942 – lipiec 1943) Korvkpt. Günther Jahn (sierpień 1943 – wrzesień 1944)
Dowódcy okrętów: Kptlt.Freiherr Hans-Diedrich von Tisenhausen Korvkpt. Helmut Rosenbaum Oblt. Horst-Arno Frenski
30. Flotylla U-Bootów
Utworzona w październiku 1942 w Konstancy. Jej okręty operowały na Morzu Czarnym, po uprzednim przetransportowaniu ich drogą lądową. Zlikwidowana w październiku 1944.
Należało do niej 6 okrętów typu IIB.