Zastępuje ją relief wykonywany w drewnie oraz przede wszystkim bogate dekoracje malarskie wypełniające całą przestrzeń zdobionej płaszczyzny. Złożone są z ornamentów roślinnych w postaci plecionek, wici, girlandy oraz pejzaży widocznych nad Nilem. Wśród nich krzyże tryumfalne adorowane przez zwierzęta, postacie mnichów i innych osób. Nie ma scen Ukrzyżowania. W absydzie kościoła w klasztorze św. Apollina w Bawit przedstawiona jest scena Wniebowstąpienia, na której Chrystus Pantokrator w aureoli, który unosi się na tęczy podtrzymywanej przez cztery apokaliptyczne istoty, ukazany jest w górnej części obrazu, niżej Matka Boska z Dzieciątkiem pomiędzy apostołami i innymi świętymi. Podobny fresk odnaleziono w klasztorze św. Jeremiasza w Sakkara. Ten typ ikonografii został przejęty i rozbudowany w chrześcijańskiej sztuce nubijskiej.
Malarstwo ikonowe występujące w sztuce koptyjskiej wywodzi się z portretów mumiowych malowanych na cienkich deseczkach techniką enkaustyki lub tempery. Liczba odnalezionych ikon jest niewielka, a datowanie znacznie utrudnione. Tematyka ikon koptyjskich jest odmienna od występujących w sztuce Bizancjum. Bywa też niezrozumiała. W zbiorach Muzeum Koptyjskiego w Kairze przechowywana jest ikona, na której dwóch świętych namalowano z głowami szakala.