Rozkwit miasta Miasto cieszyło się wieloma przywilejami nadanymi przez cesarzy Henryka III i Lotara III w XI i XII w. Kwedlinburscy kupcy otrzymali prawo nieograniczonego bezcłowego handlu na obszarze od Morza Północnego po Alpy. Prężny handel, szczególnie tkaninami wysokiej jakości, przyczynił się do szybkiego rozwoju gospodarczego miasta w ciągu kolejnych 400 lat. Nowe Miasto zostało założone w XII w. na wschodnim brzegu rzeki Bode. Około 1330 Nowe Miasto i Stare Miasto zostały opasane wspólnym murem obronnym tworząc jedno miasto.
Ksienie klasztoru kontrolowały miasto, któremu jednak udało się wkrótce uzyskać szczególną pozycję polityczną. W konflikcie pomiędzy biskupem Halberstadt Albrechtem II a grafem Albrechtem II von Regenstein, Quedlinburg opowiedział się po stronie biskupa i pomógł pojmać von Regensteina. Wedle legendy Albrecht II von Regenstein był przetrzymywany prawie dwa lata w drewnianej skrzyni w ratuszu miejskim. Odtąd miasto cieszyło się przychylnością biskupa, co przyczyniło się do pewnego uniezależnienia się od przeoryszy klasztoru. W tym okresie Quedlinburg rozbudował umocnienia obronne oraz nawiązał wiele kontaktów z innymi miastami, m.in. w 1384 wstąpił do Związku Miast Dolnej Saksonii, a w 1426 do Hanzy.