W 1945 Ministerstwo Oświaty założyło Państwowe Zakłady Wydawnictw Szkolnych (od 1974 Wydawnictwa Szkolne i Pedagogiczne)Zarządzenie Ministra Oświaty z dnia 3 grudnia 1947 r. wydane w porozumieniu z Ministrem Skarbu i Prezesem Centralnego Urzędu Planowania o utworzeniu przedsiębiorstwa państwowego pod nazwą „Państwowe Zakłady Wydawnictw Szkolnych” ()..
W latach 1951–1972 w Ministerstwie (wtedy, Oświaty) istniała m.in. jednostka zajmująca się akcjami kolonijnymi (Pełnomocnik Rządu do Spraw Wczasów dla Dzieci i Młodzieży).
W 2019 Ministerstwo Edukacji Narodowej nie zdołało zapobiec rozpoczęciu 8 kwietnia ogólnopolskiego strajku nauczycieli, do którego przystąpiło blisko 2/3 ogółu publicznych placówek oświaty.
Ministerstwo zostało zlikwidowane na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 17 grudnia 2020 r. w sprawie utworzenia Ministerstwa Edukacji i Nauki oraz zniesienia Ministerstwa Edukacji Narodowej i Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, a w jego miejsce od 1 stycznia 2021 zostało utworzone Ministerstwo Edukacji i NaukiRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 17 grudnia 2020 r.