Po rozpoczęciu pracy w Banku Światowym w Waszyngtonie w końcu 1990 roku Rutkowski zajmował się początkowo problemami finansów publicznych w Tanzanii i społecznych konsekwencji masowych migracji wewnętrznych w Chinach. Od 1992 roku skoncentrował się jednak nad transformacją społeczno-gospodarczą Europy Środkowo-Wschodniej a w szczególności jej konsekwencjami dla funkcjonowania rynku pracy i zabezpieczenia społecznego. Był ściśle związany z wczesnymi wysiłkami reformatorskimi w dziedzinie reform emerytalnych w krajach bałtyckich, Ukrainie i Bułgarii, a także z reformą systemu federalizmu fiskalnego w Rosji"Federal Transfers in Russia and their Impact on Regional Revenues and Incomes", z Ph. Le Houerou, Comparative Economic Studies, 1996 (vol. XXXVIII), No. 2/3 (Summer/Fall), s. 21-44.
W 1996 roku Rutkowski wziął urlop w Banku Światowym i powrócił do Warszawy aby objąć przywództwo grupy reformatorów (m.in. Marek Góra, Wojciech Misiąg, Aleksandra Wiktorow, Andrzej Bratkowski, Agnieszka Chłoń-Domińczak, Krzysztof Pater, Ryszard Petru) przygotowującej nowatorską reformę systemu emerytalnego w Polsce, zakładającą m.in.