Po powrocie do Banku Światowego w latach 1998–2004 Rutkowski kierował wydziałem Banku Światowego zajmującym się pomocą w zakresie reform ubezpieczeń społecznych, rynku pracy i pomocy społecznej w krajach Europy Środkowo-Wschodniej, byłego Związku Radzieckiego i Turcji. To w tym czasie i często w bliskiej współpracy z Bankiem Światowym szereg krajów Europy Środkowo-Wschodniej wprowadziło nowatorskie reformy systemów ubezpieczeń społecznych, m.in. Łotwa, Estonia, Słowacja, Chorwacja, Rumunia, Bułgaria i Turcja, a także Rosja, Kazachstan i częściowo Ukraina.
W latach 2004–2008 Rutkowski był dyrektorem ds. polityki społecznej w regionie Bliskiego Wschodu i Afryki Północnej w Banku Światowym. Prace jego zespołu koncentrowały się na reformach systemu edukacji i zatrudnienia, wzmocnieniu systemu ochrony zdrowia i rozszerzeniu zasięgu systemów zabezpieczenia społecznego w jednym z najbardziej narażonym na konflikt zbrojny rejonie świata (obejmującym m.in. Irak, Iran, Jemen i Palestynę).