Systematyka Rodzina w dawnych systemach klasyfikowana była do rzędu Helobiae (m.in. system Englera z 1904), była też sytuowana w swoim własnym rzędzie Hydrocharitales (np. system Cronquista z 1981 i system Takhtajana z 2009) lub łączona z łączniowatymi w rząd Butomales. Dopiero w latach 90. XX wieku wykazano na podstawie badań molekularnych, że w żabiściekowatych zagnieżdżona jest dotąd wyodrębniana rodzina jezierzowatych Najadaceae, włączana wcześniej do rdestnicowców Potamogetonales. Jeszcze w systemie Takhtajana (2009) rodzina Najadaceae była wyodrębniona choć wskazywana jako blisko spokrewniona z żabiściekowatymi (obie rodziny w tym ujęciu wchodziły w skład rzędu Hydrocharitales razem z łączniowatymi Butomaceae i onowodkowatymi Aponogetonaceae).
Systematyka według Angiosperm Phylogeny Website (aktualizowany system APG IV z 2016) Żabiściekowate należą do rzędu żabieńcowców i zajmują w jego drzewie filogenetycznym następującą pozycję:
Podział według Angiosperm Phylogeny Website
Klad bazalny Hydrocharitoideae Eaton tworzą dwa rodzaje: Hydrocharis L. – żabiściek Limnobium Rich. – limnobium
Podrodzina Stratiotoideae Luersson obejmuje tylko monotypowy rodzaj: Stratiotes L. – osoka, z jednym gatunkiem – osoką aloesowatą Stratiotes aloides