Stefan Bagiński (ur. 30 sierpnia 1892 w Warszawie, zm. 26 października 1969 w Łodzi) – polski lekarz, histolog i embriolog.
Życiorys W roku 1900 mając 8 lat wyjechał z rodzicami do Baku. Ukończył tam szkołę średnią. Następnie kształcił się na lekarza, by w roku 1916 uzyskać dyplom z odznaczeniem (cum maxima laude) na Uniwersytecie Kijowskim. Po trzech latach pracy powrócił do Warszawy, by w roku 1920 dostać powołanie do wojska, gdzie jako lekarz służył w Wilnie. Będąc w Wilnie został asystentem Jerzego Alexandrowicza w Zakładzie Histologii na Uniwersytecie Stefana Batorego. Stopień naukowy doktora medycyny uzyskał w roku 1924 za pracę Badania doświadczalne nad ciałami tłuszczowatymi w nadnerczach zwierząt ssących.
W roku 1926 został wydelegowany jako stypendysta rządu francuskiego do Lyonu, gdzie zapoznał się z metodami histochemicznymi, następnie w 1927 kształcił się dalej pod kierunkiem prof. Eugène’a Gleya w Stacji Morskiej w Banyuls-sur-Mer.