On sam zawarł z wodzem Datu Sikatuną przymierze krwi, co miało zapobiec dalszym starciom.
27 kwietnia López de Legazpi i jego ludzie wrócili na Cebu, atakując i niszcząc wioskę Rajah Tupas. W jej miejsce Legazpi założył pierwsze hiszpańskie osiedla na Filipinach, Villa del Santisimo Nombre de Jesús (Miasto Najświętszego Imienia Jezus) i Villa de San Miguel (Miasto św. Michała).
W roku 1567 na rozkaz z Hiszpanii na Cebu dotarło dalszych 2100 hiszpańskich żołnierzy i meksykańskich robotników. Ich siłami zbudowane zostało miasto i port Fuerza de San Pedro będący filipińskim oknem na handel z Meksykiem i ochroną przed atakami krajowców.
W 1568 López de Legazpi wysłał jednego ze swych ludzi do Hiszpanii celem dostarczenia na dwór raportu z postępów w budowie kolonii. Sam pozostał na Cebu i – z powodu kłopotów zdrowotnych i zaawansowanego wieku – nie brał udziału w podboju Manili, do czego wyznaczył swych dwóch zastępców Martína de Goiti i Juana de Salcedo.