Stanowisko wobec nauki Ewolucjonizm teistyczny nie neguje przydatności metodologii naukowej do opisu Wszechświata. Uznaje jedynie, że opis ten jest prawdziwy w zakresie poznawalnym przy pomocy metod naukowych, ale nie wyczerpuje całości obrazu, a metafizyka pozwala na próby interpretacji wykraczające poza zjawiska fizyczne. Z tej przyczyny w debacie ewolucjonizm-kreacjonizm zwolennicy kreacjonizmu ewolucyjnego zajmują miejsce po stronie ewolucjonizmu, uważając, przeciwnie niż klasyczni kreacjoniści, że kreacjonizm jest wyłącznie postawą filozoficzno-religijną, a nie naukową.
Zwolennicy teistycznego ewolucjonizmu krytykują postać kreacjonizmu określaną przez własnych zwolenników jako kreacjonizm naukowy z dwóch perspektyw. Z punktu widzenia nauki stwierdzają, że nosi ona znamiona pseudonauki. Krytykują też postawę, w której stwórca to tzw. Bóg białych plam. Z punktu widzenia katolicyzmu wykazują natomiast niezgodność leżącego u jej podstaw fundamentalizmu biblijnego z doktryną katolicką.