Od sierpnia do września 1920 podczas wojny polsko–bolszewickiej dowodził 13 Dywizją Piechoty i Grupą Operacyjną. 10 września 1920 został mianowany generałem porucznikiem z dniem 1 kwietnia 1920. W tym samym miesiącu objął dowodzenie 6 Armią we Lwowie, prowadząc ciężkie boje do zawieszenia broni 12 października 1920. Przyczynił się do pokonania 1 Armii Konnej Siemiona Budionnego i wyparcia jej za Bug. Był członkiem Rady Wojennej.
W styczniu 1921 przewodniczył delegacji polskiej na rokowania w Bukareszcie w sprawach polsko–rumuńskiej konwencji wojskowej. Po powrocie do kraju Inspektor Armii nr VI we Lwowie. W 1921 zweryfikowany w stopniu generała dywizji ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919.
Od 9 lipca 1923 do 16 grudnia 1925 był szefem Sztabu Generalnego. Złożona przez niego dymisja nie została przyjęta i formalnie nadal pozostawał szefem Sztabu Generalnego, jednak obowiązki pełnił gen. Edmund Kessler. W maju 1926 wyznaczony przez ministra spraw wojskowych, gen. Juliusza Malczewskiego, szefem sztabu wojsk rządowych. W czasie przewrotu majowego 1926 roku brał udział w walkach po stronie władz legalnychStanisław Haller, Wypadki warszawskie od 12 do 15 maja 1926 r., Kraków 1926, s. 4.. Po przewrocie majowym, jako przeciwnik Józefa Piłsudskiego, podał się do dymisji.