W tym okresie miejscowa ludność zajmowała się głównie rolnictwem oraz hodowlą, byli również wśród niej rzemieślnicy.

W 1433 wieś ucierpiała w wyniku przemarszów wojsk husyckich. Wtedy też przebudowano stary romański kościół na styl gotycki. Od 1465 r. Smižany, będące do tej pory częścią „prowincji 11 miast spiskich”, weszły w skład „państwa spiskiego” i stały się własnością kolejnych rodów rezydujących na zamku.

Z zapisków XVI-wiecznego urbarza wynika, że Smižany były wówczas jednym z najważniejszych miast węgierskiego Spiszu – w 1583 r. określano je jako drugie pod względem bogactwa.

Na początku XVIII wieku miejscowość została dwukrotnie zniszczona podczas powstań antyhabsburskich – wojska Gabora Bethlena spaliły wiele domów i splądrowały kościół. W następnych dziesięcioleciach do kolejnego obrabowania miasta doszły jeszcze zarazy – w Smižanach miało pozostać zaledwie 100 mieszkańców, a miejscowość zupełnie straciła na znaczeniu. Po dłuższym okresie spokoju w 1781 spis mówi o 868 mieszkańcach, którzy zajmowali 113 domów.