Okres 1939–1945 – okupacja niemiecka Bydgoszcz była sceną jednych z pierwszych masowych represji hitlerowskich na terenie Polski. Spontaniczne stłumienie przez wojsko i mieszkańców Bydgoszczy dywersji hitlerowskiej 3 września 1939 r. zostało okrzyknięte przez propagandę niemiecką „krwawą niedzielą” (niem. „Bromberger Blutsonntag”). W efekcie rozstrzelano prezydenta miasta Leona Barciszewskiego oraz wielu mieszkańców na Starym Rynku, w Tryszczynie, w Dolinie Śmierci i w wielu innych miejscach. Bydgoszcz została włączona do Rzeszy jako stolica rejencji w obrębie okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie. W czasie wojny architektura miasta nie doznała wielkich zniszczeń poza celowymi wyburzeniami zabytków dokonanymi w 1940 r. Całkowite straty wśród mieszkańców Bydgoszczy w czasie całej II wojny światowej historycy szacują na około 10 000 ofiar.