Stosowany jest również termin aglomeracja bydgosko-toruńska, choć jego użycie jest mocno dyskusyjne, ponieważ Bydgoszcz i Toruń nie tworzą jednolitego obszaru zurbanizowanego.
thumb|Bydgosko-Toruński Obszar Funkcjonalny wyznaczony na podstawie porozumienia z 8 kwietnia 2014Porozumienie w sprawie realizacji Zintegrowanych Inwestycji Terytorialnych dla Bydgosko-Toruńskiego Obszaru Funkcjonalnego zawarte 8 kwietnia 2014 roku.. Zaznaczono również odrębnymi kolorami gminy powiązane z Bydgoszczą i ToruniemDelimitacja dla Miejskich Obszarów Funkcjonalnych Bydgoszczy i Torunia. opracowanie eksperckie Deloitte. Warszawa 30 czerwca 2014., także te nie włączone w skład BTOF. Obecnie popularność zyskuje pogląd, zgodnie z którym nawet funkcjonalne powiązania między Bydgoszczą a Toruniem są zbyt słabe, aby mówić o wspólnym obszarze metropolitalnym. Przykładem odrębności funkcjonalnej tych miast jest ustanowienie osobnych obszarów funkcjonalnych na cele Zintegrowanych inwestycji terytorialnych dla Bydgoszczy () i Torunia.