Druga fala aktywności wulkanicznej nastąpiła mniej więcej 85 milionów lat temu, w późnej kredzie i przyczyniła się najprawdopodobniej do powstania nie tylko centralnej części wyniesienia i Elan Bank, ale również i leżącego na północny wschód od Wyniesienia Kergueleńskiego grzbietu Broken Ridge, który został później odsunięty przez procesy tektoniczne. Tutaj grubość skorupy to aż 19-21 kilometrów; istnieją przekonujące dowody, że po fali wylewów magmowych środkowa oraz południowa część wyniesienia znajdowała się nad wodą. Wydobyte w wierceniach rdzenie zawierały bąbelki powietrza w skałach magmowych, skały osadowe pochodzenia lądowego oraz zachowane w nich sprasowane kawałki drewna. Z czasem skały uległy ochłodzeniu, a więc i również skurczeniu, a trwająca 80 milionów lat erozja przyczyniła się do dalszego zmniejszenia się wysokości wyniesienia; obecnie leży on niemal całkowicie pod wodą z wyjątkiem drobnych wysepek wulkanicznych Heard i McDonald.
Trzecia i ostatnia fala aktywności rozpoczęła się przed 40 milionami lat, a więc w okresie paleogenu. Nastąpiło podówczas wyłonienie się Północnego Wyniesienia;