W 1470 w miejscu pierwotnego kościoła wzniesiono nowy, który spłonął w 1590. Odbudowa świątyni rozpoczęła się w 1592 i trwała do 1621. W 1595 odbudowywaną świątynię poświęca kardynał Jerzy RadziwiłłKronika ważniejszych wydarzeń z dziejów Buska (cz. I), Jarosław Firlej, Buskie Źródła, 1/95, marzec, nr 11, Biblioteka Publiczna MiG Busko-Zdrój. Wtedy też została dobudowana od strony południowej kaplica św. Anny, dziś Matki Boskiej Częstochowskiej – zaprojektowana na planie kwadratu, nakryta kopułą z latarnią. Z pierwotnej gotyckiej budowli zachowana została jedynie zachodnia ściana z zamurowanym dziś ostrołukowym portalem, inne średniowieczne elementy architektoniczne i wystrój kościoła uległy zniszczeniu.
W 1804 dokonuje się przebudowa fasady świątyni, jej wnętrze wzbogaca się o nowy ołtarz główny.
W 1819 z ukazu Cara nastąpiła kasata zakonu norbertanek. W 1820 w Busku miał miejsce wielki pożar, który zniszczył miasto, w tym również kościół i przyległe budynki klasztorne. Wkrótce potem świątynię odbudowano i w związku z tym, że wraz z kasatą zakonu, obiekt zaczął pełnić funkcję ogólnie dostępnego kościoła parafialnego, dodatkowo znacząco przebudowano tak by główne wejście znajdowało się od strony przylegającej ulicy.