Na wschodzie i południu kraju znajdują się pasma górskie zbudowane z archaicznych skał krystalicznych i łupków pochodzących z paleozoiku.
Obszar kraju jest wyżynno-górzysty. Rzeźba kraju jest zrębowa, a między górami powstały zapadliskowe kotliny takie jak: Owcze Pole, Kumanowe Pole i Skopsko Polje. Zachodnia część kraju jest wybitnie górzysta. Znajdują się tam wysokie pasma górskie: Szar Płanina i Korab, gdzie wznosi się najwyższy szczyt kraju Golem Korab o wysokości 2764 m n.p.m. W centralnej części kraju znajdują się liczne masywy górskie o dość łagodnych zboczach. Obszary gór w Macedonii Północnej rozdzielają wyżynne kotliny zapadliskowe. Terytorium Macedonii Północnej jest obszarem aktywnym sejsmicznie. Katastrofalne trzęsienie ziemi w 1963 roku spowodowało zniszczenie Skopje.
Klimat Macedonia Północna znajduje się w strefie klimatu podzwrotnikowego. Dolina Wardaru i Strumicy umożliwia masom powietrza śródziemnomorskiego docieranie w głąb kraju. Tereny górskie cechują się klimatem umiarkowanym, zaś obszary gdzie występują wysokie góry to region występowania pięter klimatycznych. Warto zaznaczyć fakt, że w Macedonii Północnej zaznacza się wyraźny wpływ suchych, kontynentalnych mas powietrza.