Voss nie najlepiej czuł się na stanowisku dowódczym i szybko z niego zrezygnował. Latał wówczas Albatrosem D.III, z charakterystycznymi dwoma sercami na bokach kadłuba, do czego w późniejszym okresie dodał swastykę otoczoną wieńcem. W sierpniu 1917 roku przesiadł się na słynnego trójpłata – Fokkera Dr.I (nr seryjny 103/17). Miał wówczas na swoim koncie 38 zestrzeleń. Fokker Dr I Vossa został przemalowany całkowicie na jednolity, zielony kolor i to na nim osiągnął ostatnie 10 zwycięstw bojowych.

Z reguły Werner Voss odbywał samotne loty, albowiem lubił odbywać je w pojedynkę. Ostatnią swoją walkę powietrzną stoczył z 7 brytyjskimi samolotami, należącymi do 56 Dywizjonu, dowodzonego przez Jamesa McCuddena, do którego należeli najlepsi piloci brytyjscy. Zginął 23 września 1917 w walce powietrznej nad Zachodnią Flandrią, rozbijając się o ziemię.

W czasie wojny latał na takich dwupłatach myśliwskich jak: Albatros D.I, Albatros D.III i Albatros C.III, Pfalz D.III oraz trójpłacie Fokker Dr.I Podczas swojej bogatej kariery lotniczej osiągnął godną podziwu liczbę dziewięciu podwójnych zwycięstw powietrznych i jedno potrójne zwycięstwo.