Artylerię Aksamitowskiego rozwiązano i wcielono do piechoty. Tymczasem Dąbrowski odsunięty od Legii nie mógł przeciwdziałać wysyłaniu Polaków na San Domingo. W kwietniu 1802 roku Legię Naddunajską przemianowano na 113 półbrygadę francuską i wysłano do tłumienia powstania murzynów na Karaibach. Mirosławski zastanawiał się nad powrotem do kraju. W roku 1803 w Paryżu deklarował ochotę objęcia rangi szefa batalionu artylerii legionowej. Dąbrowski ponownie mu odmówił. Czuł się Maciej nadal delegatem republikanów. Z tym stronnictwem utożsamiał się również Kościuszko, zawsze wrogi Bonapartemu.
10 grudnia 1806 roku w kraju Maciej Mirosławski zakwalifikowany został do służby czynnej bez potwierdzenia stażu legionowego a jedynie z adnotacją o 22 latach służby wojskowej (od 1784 roku). Uzyskał stanowisko inspektora przeglądów i w tej roli wziął udział w wojnie 1809 roku przeciwko Austrii. Będąc komendantem placu w Kielcach, po jego likwidacji, Mirosławski awansowany został do stopnia pułkownika, przeniesiony został 12 czerwca 1810 roku do Łomży jako komendant placu. Znaleźli się tutaj liczni jakobini m.in. pułkownik Józef Niemojewski, pułkownik Józef Neyman. Komisarzem wojskowym departamentu został wsławiony opozycją na sejmie Dominik Kuczyński.