Uniwersytet brał udział w zarządzaniu i korzystaniu z jego zbiorów od 1928, gdy Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego rozpoczęło współfinansowanie placówki. W latach 1930–1936 ogród powiększono o ok. 8 ha. Na tym obszarze znalazł się dział geografii roślin oraz dział roślin dekoracyjnych. Powstała również dzisiejsza główna brama od ul. Dąbrowskiego, projektu Stefana Cybichowskiego oraz dział gospodarczy.
W latach 1939–1945 ogrodem zarządzali niemieccy profesorowie E. Spohr i H. Walter. Zostały wstrzymane prace nad rozbudową, a nawet projektowano jego likwidacjęKronika Miasta Poznania, Jeżyce, 2000 2 (str. 188). Po wojnie, do 1949, ogrodem opiekowała się Państwowa Szkoła Ogrodnictwa. Ponieważ władze miasta nie brały udziału w utrzymaniu placówki, szkoła zrzekła się ogrodu. W związku z tym 12 grudnia 1949 instytucja została przejęta przez Wydział Matematyczno-Przyrodniczy Uniwersytetu Poznańskiego, otrzymując nową nazwę – Ogród Botaniczny Uniwersytetu Poznańskiego, a od 24 grudnia 1955 – Ogród Botaniczny Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Ogród stał się wówczas uniwersyteckim zakładem naukowo-dydaktycznym z własnym budżetem i kadrą naukowo-techniczną.